Багадур Гамзатович Малачиханов родился в 1882 году в селении Ашильта Аварского округа Дагестана в семье узденя (свободный крестьянин) Гамзата и его жены Ханум-Меседо.

Первоначальное образование Багадур получил дома, под руководством деда Курбанали, известного ученого-арабиста, затем - в Хунзахской школе, Темирханшуринском реальном училище.

В 1901 году он поступил в Императорское Московское высшее техническое училище (ныне - МГТУ им. Баумана), где одним из его наставников был авиатор Н.Е. Жуковский.

Судьба Малачиханова, помимо родного Дагестана, тесно связана с Грузией и Азербайджаном. С 1905 по 1917 год он работал в Тифлисе машинистом поезда, позднее - инженером путей сообщения. Там же, в Тифлисе, в 1913 году он женился на представительнице династии иранских шахов Саррие-Ханум.

В 1918 году семья переехала в Баку, где Малачиханов в разное время управлял нефтяными промыслами, медеплавительным заводом и рудниками.

В начале 1920-х его пригласили в образованное на Северном Кавказе правительство Горской Республики на пост министра торговли, промышленности и продовольствия, а затем - министра путей сообщения.

После разгрома армией Деникина Горской Республики Малачиханов был назначен генерал-губернатором Закатальского округа Азербайджана. На эту должность он согласился при условии, что не будет облачаться в форменное обмундирование, так как его - инженера широкого профиля - тяготила административно-хозяйственная работа.

Вернувшись в 1924 году в Дагестан, Малачиханов вплотную занялся проблемами гидроэнергетики и использования энергии ветра в народном хозяйстве Дагестана, участвовал в организации экспедиций по разведке мест нефтедобычи, в строительстве завода «Дагдизель» в Каспийске, стеклозавода «Дагогни».

Параллельно Малачиханов активно занимался просветительской деятельностью. С октября 1924 года по июль 1925 года он занимал должность заместителя наркома просвещения и заведующего Объединенным управлением социального воспитания и профобразования Наркомпроса ДАССР. Кроме того, он был избран членом правления общества «Долой неграмотность». Он много ездил по горным районам республики, где выступал перед сельской общественностью, родителями, говорил о значении образования и выявлял молодежь, склонную к учебе, приобретению профессий, необходимых для республики.

Еще в 1923 году он подготовил и издал на аварском языке «Букварь для взрослых» («ЦIикIкIаразе алифба»), а в 1925 году написал пьесу «Местер» на аварском языке, изданную в Буйнакске тиражом 1050 экземпляров.

В первой половине 1930-х в своей статье «О Сулаке» Малачиханов экономически обосновал сооружение гидроэлектростанций в Дагестане, в том числе одной из крупнейших в мире - Чиркейской ГЭС. При этом в научных трудах он нередко прибегал к опыту изыскательных работ, проведенных на реках Дагестана в дореволюционный период.

Будучи обеспокоенным практикой проведения коллективизации в Дагестане, Малачиханов неоднократно выражал недовольство по этому поводу. «По каким критериям вы определяете кулаков? Ваша работа ведет к безвозвратной потере уникальных источников национальных культур и нравственных традиций горцев», - высказал как-то он наркому НКВД Дагестана.

Этого оказалось достаточным для его включения в список инакомыслящих, подлежащих изоляции. 18 апреля 1931 года Малачиханова, занимавшего в то время пост ученого секретаря Сулакстроя, арестовали и препроводили в Ростов-на-Дону, откуда его выслали на полтора года в Каргополь (Архангельская область). В результате обвинение так и не было предъявлено, постановление ОГПУ об аресте было отменено, а дело прекращено за недоказуемостью обвинения.

В 1937 году в газете «Дагестанская правда» появилась статья местного наркома НКВД Василия Ломоносова, в которой он, в частности, указывал на то, что в Дагестане сохранились представители дореволюционной интеллигенции. В их числе был упомянут и Малачиханов.

Вскоре директор Дагестанского НИИ промышленности, где Малачиханов заведовал отделом энергетики, предложил ему подать заявление об уходе, на что Багадур Гамзатович ответил, что для этого нет никаких оснований. Тогда он был уволен «ввиду сокращения штата».

Вернувшись из института домой безработным, он предупредил жену, что она должна быть готова к его аресту. «За что?» - недоумевала она. «Разве ты не видишь, что творится вокруг? Я не лучше и не хуже тех, кого арестовали. Рано или поздно подойдет и моя очередь».

Несколько месяцев Малачиханов провел дома и до ареста успел закончить подстрочные переводы стихов Гамзата Цадасы, завершить перевод на русский язык рукописи одного арабского манускрипта, проделать значительный объем работы по корректировке и дополнению аварско-русского словаря Л.И. Жиркова, выполнить проекты сельской гидроэлектростанции (малой ГЭС) и ветродвигательной установки, полностью подготовить к изданию материалы по истории Нагорного Дагестана «К вопросу о хазарском Семендере в Дагестане». Последние пять работ были конфискованы во время ареста.

Днем 17 октября 1937 года к Малачиханову с ордером на арест явился сотрудник НКВД Проекторский, который, не проведя обыска, предложил ему собрать все свои рукописные материалы. В присутствии понятого, соседа Гриднёва, Малачиханов заявил, что с конфискованным имуществом и книгами по городу пешком не пойдет.

Перед тем, как сесть в фаэтон, который был нанят по его требованию, прощаясь с женой, он сказал: «Вероятнее всего, мы больше не увидимся. Ты и сыновья должны знать и верить, что я ни в чем не виноват. Если же вы будете в этом сомневаться и стесняться моей участи, то скажи мне об этом сейчас, и я буду знать, что с сегодняшнего дня у меня никого нет». Саррия-Ханум поклялась, что она и сыновья его никогда не предадут.

Около двух лет, до осени 1939 года, Малачиханов содержался в махачкалинской тюрьме. Обвинение ему предъявили стандартное по тем временам – «участие в контрреволюционной националистической организации».

Как известно по свидетельствам бывшего начальника Дербентского райотдела НКВД Алиева М., в 1939 году Малачиханов и еще четверо заключенных были этапированы в Москву. Об этом ходатайствовали сами заключенные, надеясь, что там беспристрастно во всем разберутся. Однако надежды не оправдались, без суда и следствия они томились в Бутырской тюрьме, а затем в Лефортово до 1941 года.

В июле 1941 года была осуществлена спешная сортировка заключенных. Сравнительно молодых и здоровых отправили на Север, пожилых и слабых оставили, а через некоторое время расстреляли в подмосковных лесах. 28 июля 1941 года эта участь постигла и Малачиханова. Ему было 53 года.

Багадур Гамзатович Малачиханов был посмертно реабилитирован в 1958 году.

Тогда же семья получила из Махачкалинского городского Бюро ЗАГСа свидетельство о смерти, в котором утверждалось, что Малачиханов умер 27 ноября 1944 года.

В 1989 году сын Малачиханова вторично обратился с заявлением в Военную коллегию Верховного суда СССР с просьбой сообщить, в чем обвинялся его отец в 1941 году, а также выразил сомнение по поводу свидетельства, выданного местным ЗАГСом. На этот раз ответ имел следующее содержание: «Малачиханов Багадур Гамзатович был необоснованно осужден 9 июля 1941 года Военной коллегией Верховного суда СССР и приговорен к расстрелу по ложному обвинению в участии в антисоветской националистической организации. Вероятнее всего приговор был приведен в исполнение 9 июля 1941 года в г. Москва. Реабилитирован посмертно 5 апреля 1958 года. Прекращенное дело в 1958 году было направлено для хранения в КГБ Дагестанской АССР. Понимая глубину постигшей Вашу семью трагедии, просим принять наши соболезнования. 19 июня 1989 г., № 4Н-013377/57/».

Сталинские репрессии катком прошлись по роду Малачихановых. Кроме Багадура Гамзатовича, были репрессированы его отец Гамзат, братья Шайхулислам и Саладин, братья отца Нуричу и Гасан, брат дедушки Курбанали Абдула, зять Омар и многие другие родственники.

В истории Дагестана Багадур Малачиханов остается одной из самых ярких личностей среди просветителей первой половины XX века, имевшей кругозор потрясающего охвата: он был не только ученым-энергетиком, но еще и историком и литератором, неутомимым борцом за культурное и образовательное возрождение родного края. Это был человек, воплотивший в себе лучшие черты интеллигента дореволюционной поры, – высокую образованность, целеустремленность и желание как можно скорее приобщить Дагестан к мировым техническим и культурным достижениям.